Бактероиды – факультативные анаэробные микроорганизмы дистальных отделов тонкой кишки. Более 50% каловых масс составляют микробные тела Bacteroides fragilis. Как и другие, существующие в нормальных условиях кишечные бактерии, они не проникают во внутреннюю среду организма благодаря существованию барьерной функции слизистых оболочек желудочно–кишечного тракта. Они также являются представителями нормальной микробной флоры женских половых органов, верхних дыхательных путей, полости рта и гортани. Но при микробном дисбалансе патогенные штаммы этих микроорганизмов очень часто вызывают различные заболевания.

Часто они вызывают поражение женских внутренних половых органов: цервициты, эндометриты, аднекситы, поэтому нужны анализы на инфекции в малом тазу. Обнаруживают бактероиды и при простатитах, хронически протекающих осложнённых уретритах у мужчин (у 6,1 % пациентов с осложнённым постгонорейным уретритом), у больных с упорным течением заболевания и частыми рецидивами.

Ассоциация перечисленных микроорганизмов с Gardnerella vaginalis, Mobiluncus spp характерна для бактериального вагиноза (устаревшее название - гарднереллёз).